一个又一个被称为“恶兽”的巨型不明生物的存在已经成为日本的日常事件。通常武器根本不起作用。面对极限，日本政府召集专家成立了“特别协调室特别小组”(俗称“灾害特别对”)。班长田村Juno、作战案件官神勇新二、非粒子物理学家泷明久、一般用途生物学家因船被选中，负责此次任务。随着怪物危机的逼近，一个银色巨人突然从大气层外出现。尤其是巨灾对策的分析官麻美弘子被调任，与神结成了伙伴。报告上写的是“奥特曼”。